En 1804, par l'édit de Saint-Cloud, Napoléon décide la fermeture des petits cimetières paroissiaux qui entouraient les églises: Décision prise pour des questions d'espace et de salubrité. On imagine aisément le problème que pouvait poser la proximité des tombes et des citernes des puits qui alimentaient la ville notamment lors des périodes d'aqua-alta.

Le projet d'aménagement du cimetière fût confié à Gian-Antonio Selva, l’architecte de la Fenice, en 1807. Les travaux s'arrêtèrent un temps, le comblement du canal séparant les deux îles eu lieu en 1836 et les travaux intérieurs du cimetière s'achevèrent en 1870.

L’architecte Annibale Forcellini réalisa le mur néo-gothique rose qui l’entoure entre 1872 et 1881.